A simulação de escoamentos em estuários tem sido uma das áreas onde a HIDROMOD mais se tem destacado.

Para além da experiência de modelação da quase totalidade de todos os estuários Portugueses, tem efectuado importantes estudos noutros países Europeus, em Angola e no Brazil. Estes estudos têm servido de suporte à análise de processos ligados à qualidade da água, ao transporte de sedimentos, etc.